Mạng lưới tín nhiệm sẽ không bị ảnh hưởng đáng kể khi một công ty nào đó ngừng hoạt động. Tuy nhiên cũng có nhiều vấn đề nảy sinh trong cách hoạt động của hệ thống. Nếu một người dùng nào đó (cá nhân hoặc tổ chức) bị mất khóa bí mật thì không thể giải mã được các thông tin gửi đến sử dụng khóa công khai trong chứng thực của mình. Trong trường hợp này người nhận chỉ có thể hủy các thông điệp nhận được và thông báo lại cho bên gửi để gửi lại với khóa công khai khác. Các chứng thực PGP thời kỳ đầu hoàn toàn không có thời gian sử dụng. Các phiên bản PGP về sau và các hệ thống dựa trên OpenPGP đều đã đưa thêm thời gian sử dụng vào trong chứng thực. Việc này đã loại bỏ được một số vấn đề khi được sử dụng hợp lý.

Do mạng lưới tín nhiệm không có thực thể đóng vai trò điều khiển trung tâm, một vấn đề khác nảy sinh liên quan đến khía cạnh xã hội của hệ thống. Phần lớn người sử dụng hệ thống sẽ chỉ tin tưởng vào những chứng thực đã được xác nhận bởi một hoặc nhiều người sử dụng khác. Vì thế một người sử dụng mới sẽ không được những người khác tin tưởng cho đến khi có một người sử dụng nào đó xác nhận vào chứng thực mà quá trình này nhiều khi đòi hỏi có sự gặp mặt trực tiếp. Điều này càng đặc biệt khó khăn cho những người sử dụng ở những vùng hẻo lánh hoặc kém phát triển vì mật độ người sử dụng ở những nơi này rất thấp. Một điều nữa cần chú ý là nếu người ký vào chứng thực cũng là người sử dụng mới hoặc không được nhiều người biết đến thì chữ ký của họ cũng sẽ có ít giá trị. Các buổi ký xác nhận khóa là một cơ chế tương đối mới để giải quyết vấn đề này. Tại những buổi như vậy, người dùng có cơ hội dễ dàng hơn để tìm ra người sử dụng khác ký xác nhận cho mình. Ngoài ra cũng có các website cung cấp những thông tin về địa chỉ người dùng hệ thống OpenPGP để giúp cho việc ký xác nhận. Ví dụ như trang Gossamer Spider Web of Trust giúp liên kết người sử dụng OpenPGP thông qua việc tổ chức mạng lưới tín nhiệm theo thứ bậc.